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V1 mejorada de la introducción doctoral

Resumen

• Mantener intacto el documento actual:

/Users/George_A/Documents/Portafolio/002_Thesis_wiki_redaction/thesis-agent/generated/editorial/introduction_candidate.md

• Crear únicamente:

/Users/George_A/Documents/Portafolio/002_Thesis_wiki_redaction/thesis-agent/generated/editorial/introduction_candidate_v1.md

• No modificar ningún otro archivo del repositorio. El DOCX y el archivo BibTeX quedan aplazados para una fase posterior.

Redacción e investigación

• Reescribir y ampliar la introducción como una narrativa doctoral integrada, no como una concatenación de apartados independientes.
• Seguir el roadmap vigente sin modificarlo y excluir por completo eQTL y variabilidad genética del hospedador.
• Mantener esta progresión:

1. NGS y biología de sistemas.
2. Modelado de RNA-seq: expresión diferencial, diseños factoriales, efectos principales, interacciones y enriquecimiento funcional.
3. Interacciones entre M. tuberculosis y el hospedador.
4. Latencia, dormancia, persistencia y adaptación.
5. Disponibilidad de hierro, fuentes de carbono y señales ambientales.
6. Vacío de conocimiento.
7. Justificación, objetivos, contribución y estructura de la tesis.

• Usar el contenido actual como base, eliminando repeticiones, mejorando transiciones y construyendo un embudo argumental hacia la pregunta central de la tesis.
• Aplicar la guía académica de humanizer: variación sintáctica natural, afirmaciones calibradas, separación entre evidencia e interpretación, eliminación de fórmulas típicas de IA y preservación exacta del significado científico.
• Usar el artículo conjunto de 2022 únicamente para calibrar la voz académica compartida, sin copiar frases: Frontiers in Microbiology.
• Complementar mediante búsqueda dirigida en fuentes primarias y páginas oficiales. Entre las fuentes iniciales se verificarán Serafini et al., 2021, Theriault et al., 2022, Sturm et al., 2024 y Devlin et al., 2025.
• Incorporar solamente referencias con una función narrativa concreta. No usar preprints ni introducir afirmaciones de prioridad o novedad no demostrables.
• Utilizar citación Vancouver por orden de aparición y añadir la bibliografía completa dentro del mismo Markdown, para que el documento sea autónomo.
• Objetivo orientativo: 7.500–8.500 palabras de cuerpo, sin convertirlo en una cuota si la coherencia exige otra extensión.
• Marcar la V1 como provisional, pendiente de revisión humana y no lista todavía para tesis.

Validación iterativa

• Repetir ciclos de redacción, auditoría y corrección hasta que se cumplan:
• Orden y función narrativa de los siete apartados.
• Ausencia de eQTL y de discusiones equivalentes.
• Correspondencia exacta entre citas numéricas y referencias.
• DOI, autores, títulos, revistas y años verificados en fuentes oficiales.
• Ausencia de referencias huérfanas, citas externas del sistema o afirmaciones sustantivas sin respaldo.
• Ausencia de duplicaciones importantes, transiciones artificiales y patrones de redacción identificables como IA.
• Conservación de cifras, identificadores, unidades y matices de incertidumbre del documento base, salvo corrección demostrada.
• Revisión final de ortografía, cohesión, terminología y consistencia científica.
• Ejecutar controles de estructura, recuento de palabras, numeración bibliográfica, términos excluidos, duplicación textual y git diff --check.
• Confirmar mediante git status y revisión del diff que el único cambio producido sea introduction_candidate_v1.md. No se ejecutarán pruebas de código porque no habrá cambios de software.

Criterios de éxito y límites

• El original permanece sin cambios.
• Existe una única V1 autónoma, más extensa, coherente y alineada con el roadmap.
• Todas las referencias añadidas están verificadas y contenidas en el mismo documento.
• No se modifican roadmap, wiki, inventario, corpus, código, archivos de planificación, estilos, DOCX ni BibTeX.
• No se realiza commit.

What steps can reproduce the bug?

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What is the expected behavior?

el resultado esperado seria la ingesta de papers y la redaccion de una introduccion siguiendo mi plan y mis instrucciones guiadas para el mismmo como parte de una revision de literatura

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